[답변] '있다'가 동사와 형용사의 측면을 아울러 지녔기 때문입니다. 현재 관형사형으로 '있은'이 아닌 '있는'이 쓰이는 것은 '있다'의 동사적 측면과 관련이 있고, '있기는 하다'에서 '하다'는 본디 보조 용언으로서 앞의 본용언이 동사라면 '먹기는 하는데', 형용사라면 '예쁘기는 한데'와 같이 활용합니다만, '있다'의 뒤에서 유독 '있기는 한데'와 같이 활용하는 것은 '있다'의 형용사적 측면과 관련이 있는 것입니다. 참고로, "집에 있으라고 하니까 있기는 하는데"처럼 '있기는 하는데'로 활용하는 경우도 있습니다.